Disc : 2장
자막 - 한국어,일본어
더빙 - 일본어
화면비율 - Widescreen Anamorphic 1.85:1
오디오 - 오디오 DTS, Dolby Digital 5.1, 2.0
지역코드 - 3
공각기동대라는 별명이 있는 공안 9과는 수상 직속의 특수 실행 부대로, 전뇌 네트나 공안 관계의 테러 대책 등의 공적으로는 불가능한 사건의 감사나 해결을 임무로 한다. 아라마키가 책임자로 있으며, 소속 요원은 바트와 소령(쿠사나기), 토그사 등이 있다. 이들은 그간 6과를 감시하고 있었다. 공안 6과는 외무성조약심의부의 별칭으로 외교상 일어나는 모든 문제나 국제범죄, 테러 등에 대해 정보수집과 감사를 행하는 정보기관인데, '프로젝트 2501'의 기밀 보호 임무도 맡고 있다.
가벨 공화국은 내란이 끝나고 기존의 군사정권이 실각, 새로운 민주정권이 탄생한 개발도상국으로, 구정권의 지도자 마레스 대령이 이 나라에 망명 중이다. 이때 '프로젝트 2501'과 관련된 프로그래머를 해외로 빼돌리려는 가벨 공화국 대사를 소령이 암살하고는 광학 미체(투명 광학복으로, 가격도 비싸 9과와, 인형사를 만들어낸 2과에서만 사용함)를 이용하여 경찰의 시선에서 유유히 사라진다.
한편, 이 시기엔 얼마 전부터 정체 불명의 해커 인형사가 주로 EC권에 출몰하여 네트에 개입, 주가 조작, 정보 수집, 정치 공작, 테러, 전뇌 윤리 침해 등 각종 범죄를 일으켰다. 그는 불특정 다수의 인간을 고스트 해크해서 조종하는 수법 때문에 붙은 코드 네임이 '인형사'. 9과의 수사 중, 쓰레기차 청소부 중 하나가 이혼을 통지한 부인의 마음 알고자, 고스트 해크를 시도하는 것을 알게 된다. 그는 누군가에게 '의사 체험'이라는 가상 현실을 이용, 정부 관계자에게 고스트 해크를 하게 한 것으로 밝혀지는데...