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인류의 유전자 기술은 발전을 거듭하게 되고, 그 결과 초인간적인 초능력을 가진 새로운 변종의 돌연변이를 통해 인간보다 더욱 진보한 '엑스맨'들은 인간의 윤택한 생활을 위해 보이지 않는 곳에서 노력한다. 그러나 '엑스맨'의 초능력을 두려워한 인간들은 그들을 경계하며 적대시한다. 찰스 사비에 박사는 이런 돌연변이들을 모아 인류사회에 적응시키고 인간을 위해 일할 수 있도록 교육기관을 설립해 그들을 훈련시키는데...